अरुण खिलारी यांनी कामगार अधिकारी म्हणून खूप काळ काम पाहिले. त्यांच्याकडे या कामासोबतच क्षेत्रीय अधिकारी पदाची जबाबदारी देण्यात आली होती. 10 वर्षाहून अधिक काळ त्यांनी वेगवेगळ्या क्षेत्रीय कार्यालयात क्षेत्रीय अधिकारी म्हणून काम पाहिले. गेल्या सहा महिन्यापासून त्यांच्याकडे मुख्य कामगार अधिकारी पदाची जबाबदारी देण्यात आली होती. खिलारी हे महापालिकेत 1987 साली रेडिओग्राफर म्हणून रुजू झाले. त्यानंतर त्यांनी food inspector म्हणून 5 वर्ष काम पाहिले. कामगार कल्याण विभागात ते 2003 साली रुजू झाले. 2 वर्ष त्यांनी घनकचरा व्यवस्थापन विभागात देखील काम पाहिले. प्रत्येक काम तंतोतंत आणि चोख करण्यावर त्यांचा भर होता.